Depuis mars 2007, l’Ensba Lyon est installée, en bord de Saône, dans un site historique privilégié, les Subsistances. Il s’agit d’un ancien couvent de la Visitation datant du XVIIe siècle, devenu propriété nationale en 1789, puis mis à disposition de l’armée, avant d’être restitué à la Ville de Lyon en 1995.
La réhabilitation des Subsistances de Lyon, et notamment le chantier de l'École nationale supérieure des beaux-arts, a été réalisée par AT'LAS Architectes.
L’École nationale supérieure des beaux-arts de Lyon occupe le bâtiment carré, construit en 1840, dans quelques 10 000 m² réaménagés et modernisés autour de la cour intérieure. L’organisation interne du bâtiment a été conçue pour permettre la libre circulation et les échanges entre les différents secteurs d’enseignement : ateliers, amphithéâtres, bibliothèque, studios son, vidéo, photographie… Elle dispose par ailleurs d’un espace d’exposition de 350 m², le Réfectoire des nonnes.
Dès le début du chantier en septembre 2005, William Vassal, architecte de ce projet eut l'idée de passer commande à des étudiants afin que se réalise un projet photographique conséquent dans le cadre pédagogique de l'école. Cela a donné lieu à une publication : En 1799 l'entrée était déjà là.
L'Ensba partage le site avec l’association Les nouvelles Subsistances, structure dédiée aux nouvelles formes de spectacle vivant.
La signalétique interne de l'Ensba a été conçue par l'agence Trafik.
